Tratamentul bolilor autoimune poate include medicamente antiinflamatorii, imunosupresoare, de substituție hormonală și terapie biologică. Un stil de viață sănătos, care include o dietă echilibrată, exerciții fizice regulate și o gestionare adecvată a stresului, poate ajuta, de asemenea, la ameliorarea simptomelor. Unele persoane cu boli autoimune aleg, de asemenea, să se bazeze pe terapii alternative precum acupunctura sau yoga.