Factorii de mediu pot influența dezvoltarea embrionului uman în moduri multiple. De exemplu, o alimentație săracă în nutrienți poate duce la probleme de dezvoltare la nivelul sistemului nervos sau cardiovascular. Expunerea la substanțe chimice toxice poate duce la malformații congenitale sau la avort spontan. Factori precum stresul matern, fumatul sau consumul de alcool pot afecta, de asemenea, dezvoltarea embrionară.