Utilizarea celulelor stem ridica probleme etice legate de originea acestora si de folosirea lor in cercetare si terapie. Există dezbatere asupra procesului de obtinere a acestor celule si a dreptului acestor celule de a fi tratate ca fiinte vii sau simple obiecte de laborator. De asemenea, exista si probleme etice legate de patentarea descoperirilor de cercetare cu celule stem si de comercializarea produselor obtinute prin intermediul acestor cercetari.