Celulele stem joacă un rol important în medicină, deoarece acestea au capacitatea de a se dezvolta în diferite tipuri de celule specializate și de a fi utilizate pentru tratarea unor afecțiuni. Acestea pot fi folosite pentru a înlocui celulele deteriorate sau afectate de boală și pot fi deosebit de utile în tratarea unor boli cronice sau ereditare. Folosirea celulelor stem în medicină este însă controversată, deoarece ridică probleme etice și poate fi asociată cu riscuri de teratomie și cancer.