Prezența unei enzime poate fi identificată prin diferite metode de analiză, cum ar fi spectrometria de masă, cromatografia sau electroforeza. De exemplu, prin spectrometria de masă, se poate identifica masa moleculară a enzimei, ceea ce poate indica prezența acesteia într-un eșantion. Prin cromatografie sau electroforeză, enzima poate fi separată și identificată prin măsurarea proprietăților fizice și chimice. Testele enzimatice în vitro pot fi folosite și pentru a detecta enzime specifice.