Bacteriile sunt clasificate în funcție de diferite criterii, cum ar fi forma, structura celulară, modul de reproducere și preferințele de mediu. Ele pot fi clasificate în bacili (bacterii în formă de bastonașe), coc (bacterii în formă de sferă), spirale (bacterii în formă de spirală) și alte forme. De asemenea, bacteriile pot fi clasificate în funcție de faptul dacă sunt Gram-pozitive sau Gram-negative, ceea ce se referă la reacția lor la colorarea Gram.