Bacteriile sunt organismele principale implicate în descompunerea materiei organice dintr-un compost. Ele descompun materiile organice în elemente mai simple cum ar fi aminoacizii și zaharidele pe care le pot consuma și transforma în energie pentru a supraviețui. De asemenea, bacteriile ajută la creșterea temperaturii în compost pentru a distruge organisme patogene și semințe de buruieni.