Bacteriile sunt o componentă esențială în procesul de descompunere a materiei organice, deoarece deschid calea pentru alte organisme să își extragă hrana din aceasta. Prin procesul de fermentare, bacteriile transformă molecula complexă în substanțe mai simple cum ar fi aminoacizi, proteine și zaharuri care servesc la hrana altor organisme. Bacteriile distrug, de asemenea, substanțe dăunătoare cum ar fi resturile animale și vegetale și alte produse organice care conțin toxine sau substanțe chimice periculoase.