Cand avem anxietate, cortexul prefrontal, care este responsabil pentru luarea deciziilor si controlul emotiilor, este mai putin activ si hipotalamusul, care coordoneaza raspunsul la stres, este mai activ. Excesul de cortizol, hormonul de stres, poate afecta si memoria si functionarea cognitiva. Anxietatea cronica poate duce la modificari strucurale ale creierului si poate creste riscul de depresie si alte afectiuni mentale.