Perlele naturale sunt formate în scoicile și midiașii din familia Pteriidae, și rezultă dintr-un proces natural de apărare împotriva unor corpuri străine, precum nisip sau paraziți, care pătrund în interiorul cochiliei. În cazul perlelor prețioase, cum ar fi cele din scoica Akoya sau din cel mai scump soi de stridie din Tahiti, se adaugă și un strat de cristale de aragonit, care conferă perlei luciul caracteristic. Producția de perle naturale este o industrie importantă și delicată, care a cunoscut multe schimbări de la descoperirea perlelor de cultură în anii 1920.