Proteinele pot fi clasificate în patru categorii structurale: proteinele primare, proteinele secundare, proteinele terțiare și proteinele cuaternare. Aceasta clasificare este făcută în funcție de modul în care a fost aranjată secvența de aminoacizi, cum sunt dispuse helixurile și foișoarele proteice, cum sunt legați aminoacizii, iar în cazul proteinelor cuaternare, cum sunt organizate mai multe lanturi proteice individuale pentru a forma o proteină mai mare și mai complexă.