Mecanismul prin care antibioticul funcționează diferă în funcție de tipul de antibiotic. Majoritatea antibioticelor funcționează prin interferarea cu procese metabolice specifice ale bacteriilor, precum sinteza peretelui celular sau sinteza proteinelor. Unele antibiotice acționează prin inhibarea enzimelor bacteriene care sunt responsabile pentru creșterea și înmulțirea celulelor bacteriene.