Procesul prin care celulele produc ATP se numește fosforilare oxidativă, iar mecanismul prin care acest lucru se întâmplă implică o serie de enzime și proteine situate în mitocondrii, precum și diferite cofactori și intermediari metabolici, cum ar fi nicotinamida adenin dinucleotid (NADH) și flavina adenin dinucleotid (FADH2).