Cele mai cunoscute teorii ale evoluției includ selecția naturală și deriva genetică. Acestea arată cum speciile evoluează și se schimbă în timp ca urmare a interacțiunilor cu mediul înconjurător și cu ceilalți membri ai ecosistemului. În peisajul actual al microbiologiei, aceste teorii ajută la înțelegerea comportamentului bacteriilor și a modului în care acestea se dezvoltă și se răspândesc, ceea ce poate ajuta la dezvoltarea de terapii mai eficiente împotriva bolilor infecțioase.