Organismele cele mai importante în procesul de putrefacție sunt bacteriile. Acestea sunt prezente în mare măsură în sol și în apa dulce sau sărată și sunt responsabile pentru descompunerea materiei organice, transformându-le în substanțe mai simple, cum ar fi azotul și fosforul. Fungiile și protozoarele sunt, de asemenea, implicate în procesul de decompoziție, dar într-o măsură mult mai mică decât bacteriile.