Microorganismele pot fi utilizate în diferite moduri pentru a reduce poluarea solului și apei. De exemplu, anumite bacterii pot fi utilizate pentru a degrada contaminanți precum hidrocarburi petroliere sau pesticide. Alte microorganisme pot fi utilizate în bazine de tratament pentru a purifica apele uzate. În plus, unele plante sunt cultivate în soluri contaminate pentru a ajuta la absorbția și eliminarea contaminanților.