Antibioticele pot afecta flora intestinală prin distrugerea bacteriilor benefice, crescând riscul de apariție a infecțiilor, creșterea cantității de bacterii patogene și reducerea capacitații organismului de a absorbi substanțe nutritive importante. De asemenea, consumul excesiv de antibiotice poate duce la creșterea rezistenței bacteriilor la tratamente medicamentoase.