Principalele cauze ale dezvoltării rezistenței la antibiotice sunt utilizarea excesivă și necorespunzătoare a acestora. Administrarea repetată sau prea frecventă a antibioticelor, utilizarea lor în tratamentul bolilor virale și nerespectarea dozelor și duratei recomandate de tratament favorizează dezvoltarea bacteriilor rezistente. De asemenea, utilizarea antibioticelor în agricultură și în creșterea animalelor pentru stimularea creșterii sau prevenirea bolilor contribuie și ele la creșterea rezistenței bacteriilor la antibiotice.