Principalele surse de poluare a apelor în România includ: deversările de ape uzate și deșeuri industriale în râuri și lacuri, agricultura intensivă și utilizarea excesivă de îngrășăminte și pesticide, creșterea animalelor în sistem intensiv și deversarea dejecțiilor în ape, poluarea provenită de la instalațiile de tratare a apei și canalizare, poluarea din activitățile miniere și de exploatare a resurselor naturale.