Principalele etape ale descompunerii materiei organice sunt fragmentarea, mineralizarea și humificarea. În prima etapă, materiile organice sunt descompuse în bucăți mai mici de către organisme detritivore. Apoi, sub acțiunea bacteriilor și fungilor, substanțele organice sunt transformate în minerale, în procesul numit mineralizare. În final, în etapa de humificare, substanțele organice sunt transformate în substanțe rezistente și închise în structuri numite humus.