Bacteriile dezvoltă mecanisme de rezistență la antibiotice prin mutații genetice sau prin transferul de gene pentru rezistență între diferite specii. Aceste mecanisme includ modificări ale structurii proteinelor țintă pentru antibiotice, pomparea activă a antibioticelor din celulă și producerea de enzime care dezactivează antibioticul. În plus, bacteriile pot forma biofilme care contribuie la rezistența lor la antibioticele utilizate.