Pescuitul intensiv poate avea efecte negative semnificative asupra ecosistemelor marilor adâncimi. Acesta poate duce la prăbușirea populațiilor de păsări și mamifere marine, afectând astfel întreaga rețea trofică a ecosistemelor. De asemenea, metodele agresive de pescuit pot afecta habitatul și structura recifelor de corali, afectând biodiversitatea locală.