Impactul schimbărilor climatice asupra apelor subterane poate fi considerabil. Viteza de reîncărcare a cantității de apă din acvifere poate fi afectată, iar scăderea nivelurilor de apă poate duce la probleme de aprovizionare cu apă potabilă și la pierderea biodiversității. De asemenea, schimbările climatice pot duce la creșterea temperaturilor apei subterane, ceea ce poate avea un impact asupra calității apei și a organismelor ce trăiesc în aceste ecosisteme.