Tratamentul pentru bolile autoimune depinde de tipul si gravitatea bolii. Adesea, tratamentul include medicamente care scad raspunsul sistemului imunitar, cum ar fi corticosteroizii, imunosupresoarele si biologicele. De asemenea, unele terapii alternative, cum ar fi acupunctura si hipnoza, pot fi utile in gestionarea simptomelor bolilor autoimune.