Cianobacteriile sunt organisme cu o mare importanta ecologica, care contribuie la ciclul de azot si la productia de oxigen. Ele sunt si responsabile pentru fenomenul de algal blooms, care poate fi extrem de daunator pentru mediul inconjurator si pentru fauna acvatica. Mai mult, unele specii de cianobacterii pot produce toxine periculoase pentru oameni si animale.