Bacteriile dezvoltă rezistența la antibiotice prin mutații genetice, transfer de gene de rezistență de la alte specii bacteriene și prin selecția naturală. Antibioticele favorizează dezvoltarea bacteriilor rezistente prin eliminarea celor sensibile, permițând celor rezistente să se înmulțească și să se răspândească. Acest proces poate duce la apariția unor tulpini de bacterii care sunt mult mai rezistente la antibiotice decât cele existente anterior.