Cele mai importante diferențe dintre Windows și Linux sunt: în timp ce Windows este un sistem de operare comercial, Linux este un sistem de operare open source și gratuit; interfața grafică a Windows este mai ușor de utilizat pentru utilizatorii obișnuiți, în timp ce Linux necesită cunoștințe mai avansate; sistemul de fișiere utilizat de Windows este NTFS, în timp ce Linux utilizează unul dintre mai multe sisteme de fișiere, cum ar fi ext4 sau Btrfs.