Defrișarea afectează negativ biodiversitatea, ducând la pierderea habitatelor și reducerii speciilor. Prin ruperea continuității pădurilor, animalele și plantele care depind de aceste ecosisteme nu mai pot migra și se risipește diversitatea genetică, ceea ce poate duce la dispariția unor specii sau a ecotipurilor. În plus, defrișarea contribuie la emisiile de gaze cu efect de seră și la schimbările climatice, întrucât pădurile absorb și stocază dioxidul de carbon din atmosferă.