Proteinele interacționează cu medicamentele prin legături specifice între părțile active ale moleculelor. Aceste interacțiuni pot afecta comportamentul proteinelor și pot avea un efect benefic sau advers asupra organismului uman. Medicamentele interacționează adesea cu proteinele care sunt implicate în procesele de boală, astfel încât utilizarea lor poate trata sau preveni afecțiuni.