Diagnosticul unei boli autoimune poate fi dificil de stabilit, datorită simptomelor vagi și diverselor afecțiuni cu simptome similare. În general, medicul va realiza anumite teste și analize de sânge pentru a detecta prezența anticorpilor și inflamației, precum și alte investigații, cum ar fi tomografii sau biopsii, în funcție de simptomele specifice ale pacientului.