Culturile modificate genetic pot avea implicatii negative asupra mediului. De exemplu, sunt necesare cantitati mari de pesticide pentru a proteja culturile, ceea ce poate duce la poluarea solului si a apelor subterane. De asemenea, cultivarea acestor plante poate duce la pierderea biodiversitatii sau la aparitia unor plante superioare care pot lua locul speciilor autohtone.