Agricultura intensivă poate avea un impact negativ semnificativ asupra solului, apei și biodiversității. Folosirea frecventă a îngrășămintelor și pesticidelor poate duce la poluarea cu nitrați și fosfați a apelor de suprafață și subterane, iar practicile de irigare ar putea duce la scăderea nivelului apelor subterane și la salinizarea solului.