Impactul uman asupra ecosistemelor acvatice poate fi extrem de devastator. Deversarea de produse petroliere, deșeurile menajere și industriale și utilizarea de pesticide pot cauza poluarea apei și otrăvirea și uciderea peștilor și a altor viețuitoare acvatice. De asemenea, construcția de baraje și podețe poate afecta fluxul natural al apei și fluxul de energie din ecosistemele acvatice. Supra-exploatarea și practicile de pescuit nereglementate pot duce la depleția resurselor acvatice și la perturbarea echilibrului natural al ecosistemelor acvatice.