Microbiomul, adică întregul ansamblu de microorganisme care trăiesc în corpul uman, are o influență majoră asupra sistemului imunitar. Aceste microbiome sunt implicate în digestia alimentelor, în metabolizarea medicamentelor și în protejarea împotriva agenților patogeni. Anumite specii de bacterii, de exemplu, produc substanțe care ajută la dezvoltarea sistemului imunitar, iar altele protejează corpul împotriva inflamațiilor și a altor boli. În plus, microbiomul poate influența efectele vaccinărilor și poate proteja împotriva alergiilor și a bolilor autoimune. Dacă microbiomul este perturbat, de exemplu prin utilizarea frecventă a antibioticelor sau a altor medicamente, sistemul imunitar poate fi slăbit și corpul poate deveni mai vulnerabil la infecții și boli.