O proteină primară este secvența liniară de aminoacizi care formează structura de bază a unei proteine, în timp ce o proteină cuaternară este formată din mai multe subunități polipeptidice individuale care sunt adunate într-o structură proteică finală. Deci, diferența principală constă în numărul de lanțuri polipeptidice care formează proteină și modul în care acestea sunt înglobate în structura finală.