Tratamentele pentru prevenirea sau ameliorarea afectării trunchiului cerebral pot include: intervenții chirurgicale, radioterapie, chimioterapie, terapie fizică și terapie de recuperare. Aceste tratamente depind de cauza și gradul de afectare a trunchiului cerebral și pot fi personalizate în funcție de necesitățile fiecărui pacient în parte.