Apa subterană poate fi contaminată din nenumărate surse, inclusiv deșeuri agricole sau industriale, deșeuri municipale, depozite de deșeuri sau depozite de combustibil, produse chimice și alte surse. Unele dintre cele mai frecvente cauze ale contaminării apei subterane includ scurgeri din sistemele septice, eșecuri ale fosei septice sau a sistemelor de canalizare, și scurgeri de la depozite de produse chimice sau deșeuri industriale.