Cauzele exacte ale sindromului de colon iritabil sunt in mare parte necunoscute, dar se crede ca sunt implicate numeroase factori, cum ar fi dezechilibrele microbiene, sensibilitatea crescuta a sistemului nervos al intestinului, inflamatia intestinala sau stresul psihologic. De asemenea, exista si factori de risc care pot creste riscul de aparitie a sindromului de colon iritabil, cum ar fi o dieta bogata in grasimi sau proteine, stresul cronic, abuzul de alcool sau de cafeina sau afectiunile psihologice, cum ar fi anxietatea sau depresia, care pot afecta modul in care functioneaza sistemul digestiv.