Implementarea unui program de conservare a habitatelor naturale poate întâmpina o varietate de dificultăți, inclusiv resurse financiare limitate, opoziție politică, educație insuficientă și capacitatea limitată de implementare. În plus, dezvoltarea urbană poate duce la sporirea presiunii asupra habitatelor naturale. Alte probleme includ conflicte cu comunitățile locale, absența de monitorizare și evaluare, precum și lipsa de conștientizare publică și angajament în privința conservării habitatelor naturale. Toate acestea pot influența negativ eficacitatea și succesul unui program de conservare a habitatelor naturale.