Prevenirea infecțiilor transmise prin intermediul apei implică o combinație de metode, inclusiv tratamentul adecvat al apei și igiena bună. Tratamentul potabil de rutină ar trebui să implice dezinfectarea cu substanțe chimice cum ar fi clorul sau ozonul, sau prin utilizarea de filtre de apă și filtrare prin osmoză inversă, care poate elimina microorganisme periculoase. În același timp, trebuie să existe și o atenție adecvată asupra igienei personale în ceea ce privește spălarea mâinilor și controlul igienei clădirilor și a sistemelor de canalizare.