Exploatarea gazelor de sist poate avea un impact negativ asupra mediului, prin poluarea aerului, apei si solului. Acest proces necesita o cantitate mare de apa si produse chimice care pot ajunge in apa potabila sau in mediul inconjurator, si poate provoca activitati seismice. In plus, emisiile de gaze cu efect de sera din productia si arderea gazelor de sist contribuie la schimbarile climatice.