Utilizarea biocombustibililor poate avea efecte negative asupra mediului înconjurător dacă se fac schimbări majore în agricultură pentru cultivarea plantelor necesare pentru producerea acestor combustibili. Înlocuirea culturilor alimentare cu cele destinate producției de biocombustibili poate duce la creșterea prețurilor și la foamete. De asemenea, schimbările în sistemul de agricultură pot afecta solul și apa prin utilizarea excesivă a pesticidelor și îngrășămintelor chimice.