Principalele pericole asociate cu exploatarea gazelor de sist includ poluarea apei, emisiile de gaze cu efect de sera si activitatea seismică. În timpul exploatarii, lichidele de fracturare hidraulica, care contin substante chimice periculoase, pot ajunge in sursele de apa si polua apa de baut. De asemenea, emisiile de gaze, precum metanul, pot ajunge in atmosfera, contribuind la schimbările climatice. Activitatea seismică poate fi, de asemenea, provocată de forajele de gaz de sist, ceea ce poate duce la cutremure si alte distrugeri.