Procesul de biodegradare a deseurilor organice implica dezcompunerea acestora prin intermediul microorganismelor, in special bacteriile. Bacteriile secreta enzime care descompun moleculele complexe din deseurile organice in molecule mai simple, precum CO2 si apa. Procesul necesita oxigen si are loc intr-o serie de etape, incepand cu descompunerea zaharurilor si proteinelor, urmat de descompunerea acizilor organici si a altor molecule organice. Microorganismele care participa la descompunerea deseurilor organice sunt prezente in sol si in alte medii, dar pot fi, de asemenea, cultivate si utilizate in procese de compostare sau de digestie anaeroba.