Bolile autoimune sunt afecțiuni în care sistemul imunitar atacă eronat propriile celule și țesuturi ale corpului. Tratamentul poate varia în funcție de tipul bolii autoimune, dar poate include medicamente care încetinesc sau opresc atacul sistemului imunitar (cum ar fi corticosteroizii), medicamente care reduc inflamația (cum ar fi aINS), și medicamente imunosupresoare (cum ar fi metotrexatul). Unele tratamente nou-descoperite includ terapiile biologice care blochează anumite proteine care declanșează un răspuns imunitar exagerat și terapia cu celule stem care înlocuiesc celulele deteriorate din sistemul imunitar.